Image-processing software package (Польша - Тендер #47290726)

Official name: Instytut Chemii Bioorganicznej Polskiej Akademii Nauk
National registration number: REGON 000849327
Postal address: ul. Noskowskiego 12/14
Town: Poznań
NUTS code: PL415 Miasto Poznań
Postal code: 61-704
Country: Poland
Contact person: Katarzyna Wielentejczyk
E-mail: zampub@ibch.poznan.pl
Telephone: +48 618522509
Fax: +48 618520532
Internet address(es):
Main address: http://portal.ichb.pl

DOSTAWA PRODUKTÓW INNOWACYJNYCH TWORZĄCYCH GENOMICZNĄ MAPĘ POLSKI

Reference number: PN 454/19

48328000 Image-processing software package

Supplies

NUTS code: PL415 Miasto Poznań

Przedmiotem zamówienia jest dostawa produktów innowacyjnych tworzących Genomiczną Mapę Polski, zgodnie z wymaganiami Zamawiającego określonymi w Specyfikacji Technicznej Przedmiotu Zamówienia zawartej w części IV SIWZ.

Genomiczna Mapa Polski (zwanej dalej „GMP”) ma stanowić zestaw narzędzi do wielkoskalowej analizy genomów, oparty o zbiory danych możliwie precyzyjnie opisujące zmienność genetyczną populacji ludzkiej mieszkającej na terenie Polski. Ze względu na wielkość populacji Polski GMP musi zostać stworzona na podstawie 5000 całogenomowych sekwencji DNA (+/- 50 sekwencji). W przyszłości GMP ma służyć jako standard wykorzystywany w badaniach genomicznych lub genetycznych prowadzonych na populacji polskiej oraz zawierać opis genomicznych zasobów tej populacji, możliwy do wykorzystania w badaniach ogólnoeuropejskich oraz ogólnoświatowych.

Duration in months: 36

The procurement is related to a project and/or programme financed by European Union funds: yes

Identification of the project:

POIR.04.02.00‐30‐A004/16

Notice number in the OJ S: 2019/S 233-571402

Contract No: 1

Title:

DOSTAWA PRODUKTÓW INNOWACYJNYCH TWORZĄCYCH GENOMICZNĄ MAPĘ POLSKI

18/11/2019

The contract/concession has been awarded to a group of economic operators: no

Official name: Central Europe Genomics Center Sp. z o.o.
Town: Białystok
NUTS code: PL841 Białostocki
Country: Poland

The contractor/concessionaire is an SME: yes

Total value of the procurement: 51 595 000.00 PLN

Official name: Krajowa Izba Odwoławcza
Postal address: ul. Postępu 17a
Town: Warszawa
Postal code: 02-676
Country: Poland
Internet address: www.uzp.gov.pl/kio

Official name: Krajowa Izba Odwoławcza
Postal address: ul. Postępu 17a
Town: Warszawa
Postal code: 02-676
Country: Poland
Internet address: www.uzp.gov.pl/kio

15/10/2023

48328000 Image-processing software package

NUTS code: PL415 Miasto Poznań

Przedmiotem zamówienia jest dostawa następujących produktów innowacyjnych:

Produkt 1. „Genom referencyjny” (zwany dalej „GR”) – zestaw prototypów narzędzi bioinformatycznych służących do wytworzenia i analizy sekwencji genomowego DNA osób zamieszkujących dany region. Genom referencyjny charakterystyczny dla populacji polskiej (GR-GMP) powinien zostać stworzony na podstawie dogłębnej analizy genomów co najmniej 10 osób i ich rodziców (w sumie 30 osób) wybranych przez Zamawiającego jako reprezentatywnych przedstawicieli populacji polskiej. Analiza genomów musi zostać przeprowadzona z zastosowaniem różnych technologii obejmujących wysokoprzepustowe sekwencjonowanie genomowego DNA za pomocą krótkich odczytów sparowanych (paired-end), krótkich odczytów typu mate-pair, długich odczytów łączonych (ang. linked-reads), naturalnie długich odczytów analizowanych w czasie rzeczywistym oraz sporządzenie mapy optycznej genomu. Produktem końcowym ma być sekwencja konsensusowa genomu, złożona w oparciu o dane wygenerowane dla wszystkich badanych osób przy wykorzystaniu wszystkich zastosowanych technologii. Jakość tej sekwencji musi być nie gorsza niż jakość genomów referencyjnych stworzonych w ostatnich 3 latach dla analogicznych populacji, szczegółowo opisana w IV części SIWZ.

Produkt 2. „Baza danych” – prototyp architektury bazy danych umożliwiającej przechowywanie danych heterogenicznych o różnym stopniu przetworzenia, powiązanej z informacjami pochodzącymi z 5000 genomów (+/- 50 genomów). W bazie muszą się znaleźć także zabezpieczone i wyposażone w unikalne identyfikatory dane osobowe oraz informacje na temat cech fenotypowych i stanu zdrowia 1000 osób (+/- 10 osób), od których próbki DNA zostaną pozyskane przez Wykonawcę do analiz genomicznych w ramach Produktu 4. Dane te muszą być powiązane z danymi uzyskanymi z sekwencjonowania genomów.

Produkt 3. „Mapa zmienności genetycznej” – zestaw prototypów narzędzi bioinformatycznych służących badaniu zmienności genetycznej populacji. Mapa zmienności genetycznej Polaków ma zostać wykonana na podstawie sekwencjonowania i analizy wyników sekwencjonowania 3000 genomów (+/- 30 genomów) wybranych mieszkańców Polski, z obszaru całego kraju. Próbki DNA do analizy dostarczy Zamawiający.

Produkt 4. „Fen-Gen” – prototyp narzędzia bioinformatycznego do analizy powiązań pomiędzy fenotypem a genotypem. Produkt ma umożliwić określenie relacji pomiędzy możliwie dużym zestawem cech fenotypowych badanej osoby a jej genomem. Powstanie on w oparciu o informacje na temat wyglądu i stanu zdrowia oraz powiązane z nimi dane z całogenomowych sekwencjonowań 1000 osób (+/- 10 osób). Zebranie próbek, przeprowadzenie ankiet, wykonanie badań medycznych i sekwencjonowanie genomów należy do Wykonawcy, zgodnie z wymaganiami Zamawiającego określonymi w Specyfikacji Technicznej Przedmiotu Zamówienia zawartej w części IV SIWZ.

Produkt 5. „Et-Gen” - prototyp narzędzia bioinformatycznego do analizy zmienności genetycznej mniejszości etnicznych. Zmienność genetyczna musi zostać przeanalizowana na podstawie 1000 sekwencji (+/- 10 sekwencji) pełnych genomów pochodzących od przedstawicieli wybranych przez Zamawiającego mniejszości etnicznych zamieszkujących Polskę. Próbki DNA do analizy dostarczy Zamawiający.

Wykonawca nie ma prawa wykorzystywać Przedmiotu zamówienia w całości ani w żadnej części zarówno w trakcie wykonywania Przedmiotu zamówienia jak i po jego dostarczeniu, pod rygorem zastosowania kar umownych przewidzianych w umowie.

Szczegółowe zasady ochrony danych osobowych, w tym danych zaliczanych do szczególnych kategorii danych osobowych, dotyczących Przedmiotu zamówienia opisane zostały w części V SIWZ.

Produkty 3, 4 i 5 będą udostępniane Zamawiającemu on-line, z uwzględnieniem zasad opisanych w Szczegółowych zasadach ochrony danych osobowych, w tym danych zaliczanych do szczególnych kategorii danych osobowych, dotyczących Przedmiotu zamówienia opisanych w części V SIWZ.

Pełny opis zamówienia znajduje się w SIWZ

Duration in months: 36

Total value of the contract/lot/concession: 51 495 000.00 PLN

Official name: Central Europe Genomics Center Sp. z o.o.
Town: Białystok
NUTS code: PL841 Białostocki
Country: Poland

The contractor/concessionaire is an SME: yes

Nature and extent of the modifications (with indication of possible earlier changes to the contract):

Strony zgodnie dokonały zmiany w Umowie w zakresie w par. 2 , zastępując zdanie początkowe treścią "Wykonawca zobowiązuje się zrealizować Przedmiot zamówienia w terminie 36 miesięcy od podpisania umowy przez Strony, z tym zastrzeżeniem, że podpisanie ostatecznego protokołu zdawczo-odbiorczego, o którym mowa w § 3 ust. 3 in fine oraz ust. 21 nastąpi nie później niż do 31 stycznia 2023 r.

Terminy realizacji przez Wykonawcę poszczególnych Produktów przedstawiają się następująco :”

Need for modification brought about by circumstances which a diligent contracting authority/entity could not foresee (Art. 43(1)(c) of Directive 2014/23/EU, Art. 72(1)(c) of Directive 2014/24/EU, Art. 89(1)(c) of Directive 2014/25/EU)

Description of the circumstances which rendered the modification necessary and explanation of the unforeseen nature of these circumstances:

1.problemy związane z przenoszeniem i przetwarzaniem bardzo dużych wolumenów danych genomicznych, uniemożliwiły Zamawiającym przeprowadzenie analiz ostatnich transz danych wchodzących w skład Produk. 3, 4 i 5, w terminach wynikających z Umowy, a tym samym dokonanie ich odbiorów przez Zamawiających. 2.brak ww. odbiorów danych wchodzących w skład Produk. 3, 4 i 5 uniemożliwia Wykonawcy przygotowanie dla Zamawiających raportu końcowego, który po zatwierdzeniu przez Zamawiających stanowi potwierdzenie zrealizowania całości Przedmiotu zamówienia. Strony zmuszone są wydłużyć termin zakończenia umowy o czas niezbędny Zamawiającym do zakończenia analiz, o których mowa w pkt 1 powyżej i akceptacji raportu końcowego wspomnianego w pkt 2, tj. do końca stycznia 2023 r. W związku z powyższym, działając na podstawie art. 144 ust. 1 pkt 3 ustawy z dnia 29 stycznia 2004 r. Prawo zam.publ., w związku z art. 91 ust. 1 pkt 1 ustawy z dnia 11 września 2019 r. Przepisy wprowadzające ustawę - Prawo zam pub.

Updated total contract value before the modifications (taking into account possible earlier contract modifications and price adaptions and, in the case of Directive 2014/23/EU, average inflation in the Member State concerned)

Value excluding VAT: 51 495 000.00 PLN

Total contract value after the modifications

Value excluding VAT: 51 495 000.00 PLN